Dans une note du livret de l'album, J.J. Abrams explique que l'objectif principal de cette nouvelle partition était non seulement de reprendre les thèmes du premier film (et notamment le nouveau thème principal de l'Enterprise) mais de trouver un nouveau thème adapté pour le personnage de John Harrison interprété par Benedict Cumberbatch. Relevant le défi avec panache, Giacchino signe un score éclatant, épique et grandiose, et ce dès le début du film. Ainsi, « Logos/Pranking the Natives » ouvre le film au son du fameux thème principal lors de l'apparition du logo de la Paramount, alors que la mélodie est entonnée par un cor sur fond de quelques arpèges de harpe et de nappes synthétiques discrètes. Très vite, des trémolos sinistres et dissonants des cordes suggèrent clairement la teneur plus dramatique et sombre de ce second film, puis l'on démarre enfin avec l'action pour la poursuite introductive sur Nibiru : cuivres haletants, bois énergiques, cordes imposantes, rythmes trépidants des percussions exotiques - un truc cher à Giacchino - développements thématiques, aucun doute possible : on retrouve ici le compositeur des musiques d'action/aventure épiques façon « John Carter » en pleine forme. Cette impression se confirme radicalement dans « Spock Drops/Kirk Jumps », qui conclut le spectaculaire prologue du film sur un nouveau déchaînement orchestral martial impressionnant. Le thème principal est repris dans « Sub Prime Directive » avec une majestuosité et une solennité extrêmement classique, à mi-chemin entre les britanniques Edward Elgar ou Sir Malcolm Arnold. Giacchino développe ici la phrase A et la phrase B de son thème jusqu'à la puissante envolée de la fanfare à 1:50, sur fond de percussions magistrales, l'orchestre résonnant ici dans toute sa splendeur (avec pas loin d'une centaine d'instrumentistes dans l'orchestre !).

« London Calling » dévoile un nouveau thème pour le maléfique John Harrison, une mélodie fragile et mélancolique jouée subtilement au piano avec délicatesse, pour la scène où Harrison offre son sang pour sauver une petite fille malade. Si Giacchino brouille les pistes et illustre pour cette scène le personnage sous un angle humain, fragile et attentionné (avec un classicisme d'écriture évident dans le jeu du piano, à mi-chemin entre Chopin et Brahms), le second thème associé à Harrison, très présent dans le film, est surtout entendu dès 1:53 dans « Meld-Merized ». Le Harrison's Theme est en réalité constitué de deux éléments mélodiques : une phrase de trois longues notes de cordes accompagné d'un entêtant ostinato de cordes staccatos de 6 notes. Le thème évoque non seulement la détermination aveugle d'Harrison pour accomplir ses sinistres desseins, mais suggère en même temps le côté 'merveilleux' de ce personnage aux pouvoirs extraordinaires. En réalité, on appréciera ici l'ambiguïté du thème d'Harrison, qui ne tombe jamais dans le cliché de la mélodie maléfique mais conserve à contrario un côté séduisant et mystérieux qui rend le personnage dans le film encore plus fascinant et intriguant. Au rayon des bonnes surprises, impossible de résister à la puissance barbare/épique de « The Kronos Wartert » (le titre est un jeu de mot avec le nom du célèbre quatuor à cordes du Kronos Quartet), qui utilise de puissants choeurs épiques aux paroles latines scandées de façon guerrière et un orchestre déchaîné, ponctué de cuivres robustes et de percussions métalliques déchaînées (notamment dans le jeu des tambours et des enclumes). Giacchino évoque ici les Klingons en développant un motif de cuivres imposant (à 1:38) sur fond de martèlement percussif qui rappelle l'ancien motif de Jerry Goldsmith pour les premiers films de la saga. Le motif d'Harrison est entendu brièvement aux cordes à 4:50, rappelant encore une fois la présence du nouveau Nemesis de Kirk et son équipage. Au niveau des orchestrations, on ressent la maturité déjà présente dans le spectaculaire « John Carter », Michael Giacchino peaufinant encore une fois son style symphonique résolument classique, que l'on croirait surgi d'une lointaine époque (celle du Golden Age ou des années 70/80).

Le thème d'Harrison est enfin développé dans son intégralité dans le mystérieux « Brigadoom », pour lequel Giacchino utilise les sonorités cristallines/aquatiques du waterphone pour accompagner le Harrison's Theme - peut être un hommage au « Star Trek III : The Search for Spock » - Le compositeur expérimente ici quelques idées intéressantes, notamment dans l'utilisation de sonorités électroniques/new age judicieusement associées à Harrison durant la scène de l'interrogatoire, sonorités étranges traduisant clairement le côté surhumain du personnage. L'action reprend le dessus dans l'impressionnant « Ship to Ship », pour lequel Giacchino superpose admirablement l'ostinato de cordes d'Harrison et le motif de Kirk/Enterprise en contrepoint, lors de la scène où les deux individus s'élancent dans l'espace pour atteindre l'ouverture du vaisseau. Impossible aussi de résister à la puissance symphonique dévastatrice de « Earthbound and Down » ou à l'intensité chorale tragique de « Warp Core Values », ou des notes poignantes et délicates du piano de « Buying the Space Farm », alors que Spock vit sa première expérience émotionnelle lors d'une scène cruciale et bouleversante du film (sans aucun doute le plus beau morceau du score de « Star Trek Into Darkness »). Enfin, « The San Fran Hustle » accompagne la poursuite finale entre Khan et Spock dans les rues de San Francisco. C'est l'occasion pour Michael Giacchino de nous offrir non seulement le meilleur morceau d'action de toute la partition mais aussi le plus musclé (importance ici des traditionnelles percussions orchestrales/exotiques si chères au compositeur), le plus cuivré et le plus spectaculaire. Giacchino juxtapose en contrepoint le motif de Spock et celui d'Harrison (à 3:20) pour parvenir à ses fins, le motif de Spock étant développé ici sous la forme d'un motif d'action cuivré trépidant dès 0:08. On retrouve le thème principal de l'Enterprise dans « Kirk Entreprises » et « Star Trek Main Theme », et même une allusion à la célèbre fanfare d'Alexander Courage pour la fin du film (en revanche, exit sur l'album l'arrangement du célèbre thème de la série TV pour le générique de fin).

Les fans auront d'ailleurs pu constater que l'album omet aussi une piste présente sur internet plusieurs mois avant la sortie de l'album, « Ode to Harrison », qui se trouve être en réalité un montage de 6 minutes autour du thème d'Harrison. Malgré la courte durée du CD publié par Varèse Sarabande (44 minutes) et l'absence de nombreux morceaux, le score de « Star Trek Into Darkness » offre une expérience d'écoute riche et enthousiasmante, qui parvient même à dépasser celui du premier opus et confirme encore une fois l'incroyable richesse de la collaboration Michael Giacchino/J.J. Abrams, un sans-faute jusqu'à présent. Epique et spectaculaire dans le film, la musique apporte une atmosphère d'action, de tension et un rythme saisissant aux images tout en demeurant richement écrite, brillamment orchestrée et très prenante en écoute isolée (le score étant d'ailleurs plutôt bien mixé et très bien valorisé sur les images). A une époque où Hans Zimmer et sa clique de Remote Control ont imposé partout le style synthético-orchestral actuel, il est bon de revenir aux sources en se délectant d'un grand score symphonique hollywoodien écrit avec goût et intelligence, que les fans de Michael Giacchino sauront apprécier à sa juste valeur, en attendant une hypothétique version complète comme pour le premier score chez Varèse Sarabande : sans aucun doute l'une des meilleures musiques de film de l'année 2013 !