Après avoir pu travailler à cinq reprises avec le compositeur d'opéra Luis de Pablo de 1967 à 1972, année durant laquelle celui-ci s'exila aux États-Unis ("Peppermint Frappé", "La Chasse", "La madriguera", "Le jardin des délices", "Anna et les Loups"), il s'est par la suite détourné de la musique originale (à trois exceptions notables, avec Alberto Iglesias sur "Outrage" en 1993, Roque Baños sur "Salomé" en 2002 et "Le 7ème jour" en 2004) pour convoquer les musiques qu'il aimait, populaires ou classiques. Dans l'entretien qu'il nous avait accordé en 2009 il évoquait son rapport à la musique : "Je pense que tous mes films sont musicaux, mais il y en a qui le sont plus frontalement".
Hormis la chanson devenue célèbre dans "Cría Cuervos", il a convoqué Erik Satie sur "Elisa, Mon Amour" en 1977, Henry Purcell sur "Les yeux bandés" en 1978…, jusqu'à faire de la musique le sujet exclusif de ses films depuis les années 80, à commencer par "Carmen" (1983) sur un groupe de danseurs de flamenco qui adapte en espagnol l'oeuvre de Bizet. Il célèbre ainsi la musique gitane ("L'amour sorcier", 1986), le "Tango" (1998), le "Flamenco" (1995), "Fados" (2007), dans des films qui prennent comme titre les styles musicaux, mais aussi le classique avec "I, Don Giovanni" (2009) sur le librettiste de Mozart, et le folklore argentin dans "Argentina" (2015).
Son dernier film sorti en France (en novembre 2022), "Le Roi du monde", ne déroge pas à cette obsession musicale puisqu'il s'agissait de la musique mexicaine à travers les coulisses fictionnelles d'un spectacle musical. Il demeurait très actif. Il avait notamment dans ses projets un biopic sur Jean-Sébastien Bach, qu'il avait en tête depuis 2014 et qu'il s'apprêtait à mener à terme en 2023, annoncé avec Gérard Depardieu au casting, et Gabriel Yared en musique originale.
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