Après avoir entamé des études de droit, il abandonne rapidement sa carrière de diplomate pour se consacrer à la musique. Il se tourne alors vers le théâtre d'avant-garde, fréquentant le Osmego Dnia Theatre dirigé par Jerzy Grotowski. Kaczmarek commence à composer de la musique pour les pièces underground, puis pour un orchestre qu'il a fondé lui-même : L'Orchestre du Huitième Jour.
En 1982, l'orchestre fait une tournée aux États-Unis, marquant le début de sa reconnaissance internationale. Son premier album, "Music For The End", est enregistré à cette occasion. De retour en Pologne, il compose pour le cinéma et la télévision polonaise avant de s'installer définitivement aux États-Unis en 1989.
La consécration arrive en 2004 avec la bande originale de "Finding Neverland" de Marc Forster, qui lui vaut un Oscar de la meilleure musique originale. Sa dernière oeuvre à sortir au cinéma en France est "Paul, Apôtre du Christ" (de Andrew Hyatt, 2018).
Outre son travail pour le cinéma, Jan A.P. Kaczmarek a également contribué à la musique symphonique et chorale en Pologne. Il a fondé l'Instytut Rozbitek et le Transatlantyk Festival, promouvant ainsi les arts et la culture polonaise à l'international.
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