La musique d'"Alien Covenant" devait initialement être composée par Harry Gregson-Williams, mais des différends artistiques ont conduit à son remplacement par Jed Kurzel. Ce dernier, chanteur et guitariste du groupe The Mess Hall, a enregistré la musique avec le London Contemporary Orchestra. La partition réutilise largement les thèmes de Jerry Goldsmith du premier "Alien".
La première partie du film est dominée par des reprises et réarrangements du score de Goldsmith, laissant peu de place à l'originalité de Kurzel. La seconde partie adopte un style plus électronique et moderne, proche du travail de Kurzel sur "Assassin's Creed", avec des expérimentations sonores et un sound design élaboré. Le thème principal de "Alien Covenant" est celui de Goldsmith, dévoilé dans "The Covenant" et "Planet 4/Main Theme". Kurzel utilise également le motif de flûtes en échoplex de Goldsmith dans plusieurs morceaux. Le Covenant a son propre thème, mais il est peu mémorable. "A Cabin in the Lake" et "Sails" développent un thème de cor plus intime et doux, associé à la mélancolie de Daniels. Malheureusement, ce thème est abandonné par la suite. Le score manque de richesse thématique, surtout en comparaison avec "Prometheus" de Marc Streitenfeld.
Un motif de deux notes, récurrent dans le score, évoque les aliens. Introduit dès l'ouverture, il est conçu à partir d'un sample de cordes de mandoline déformées et inversées, créant un effet organique et inquiétant. Ce motif, omniprésent, suggère la menace des créatures et de leur créateur. "Spores" marque le passage à la seconde partie du score, avec des sonorités organiques étranges et extra-terrestres. Le motif de deux notes est très présent, et le sound design accentue la tension et la panique. "The Med Bay" est un morceau sombre et impressionnant, basé sur un sound design brutal et des pulsations synthétiques entêtantes.
"Dead Civilization" évoque les ruines des Ingénieurs avec une ambiance apocalyptique et mystérieuse. "Survivors" et "Payload Deployment" renforcent le sentiment de malaise. "Face Hugger" et "Chestburster" utilisent des effets avant-gardistes et des sonorités stridentes pour évoquer l'horreur. "Cargo Lift" et "Terraforming Bay" illustrent les confrontations finales avec l'alien, mais Kurzel se montre moins habile dans les scènes d'action, optant pour des percussions synthétiques répétitives et un orchestre peu développé. Le score, inégal et déroutant, doit beaucoup aux reprises de Goldsmith.
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